Als aktiver Fußballer lief Rupert Marko in der Bundesliga für Sturm Graz, FC Tirol, SV Salzburg und Austria Wien auf, für das österreichische Nationalmannschaft bestritt er drei Partien. Nach dem Ende seiner Karriere bastelte der Steirer an seiner Trainerlaufbahn, die ihn über den Nachwuchs sowie das Co-Trainer-Amt bei Sturm Graz nach Kottingbrunn und zum SV Horn führte. Ab der Saison 2011/12 coachte er sämtliche rot-weiß-roten Nachwuchsteams bis hinauf zur U 19, ehe er ab März des Vorjahres als Co. von Willi Ruttensteiner das israelische A-Team betreute. Seit Feber des heurigen Jahres war der 59-Jährige vereinslos.