Das Land Tirol hat 2018 Teile des Isel-Flusssystems als Natura2000-Gebiet ausgewiesen, konkrete Schutzinhalte und eine formale Ausweisung als Naturschutzzone würden aber noch fehlen. Die Umweltvereine verweisen dazu auch auf ein laufendes Vertragsverletzungsverfahren der EU gegen Österreich. Urbanik und Hölzl vermissen die Umsetzung eines seit 2021 fertigen Gewässerschutz-Konzeptes.
Das Land Tirol sieht keinen Handlungsbedarf. Das Gebiet sei ausreichend unter Schutz gestellt, alle Einflüsse werden auf ihre Verträglichkeit hin geprüft. Lebensräume, Tier- und Pflanzenarten seien auch durch das Tiroler Naturschutzgesetz geschützt.